注册运输公司需要到 工商局进行申请。具体流程包括：
名称预先核准：
首先需要到工商局领取一张企业名称预先核准申请表，填写已准备好的公司名称，并申请名称预先核准通知书。
提交设立登记申请：
向工商局提交设立登记申请，提交规定文件，包括公司章程、股东身份证明、安全生产管理制度、车辆承诺书、聘用驾驶人员的驾驶证和从业资格证等。
领取营业执照：
工商局审核通过后，会发给《企业法人营业执照》。
刻制印章：
凭营业执照到公安局指定的地点刻制公章、法人章、财务章和发票章。
开立银行基本户：
到银行开立基本账户。
办理税务登记：
办理税务登记时，需要提交会计资格证和身份证等材料。
领购发票：
到税务局申请发票。
此外，如果涉及特殊行业，如道路运输，还需到交通局办理道路运输经营许可证。
建议在选择注册地点时，考虑当地政策和规定，以及是否需要办理特殊行业的许可证。可以选择在工商局、行政服务中心或专业的代理机构办理注册手续，以确保流程顺利进行。