注册公司商标应当在 国家商标局进行申请注册。具体流程包括：
准备申请材料：
申请人需要准备商标注册申请书、申请人的主体资格证明资料（如营业执照复印件），如果委托知识产权代理机构办理，还需提交授权委托书。
提交申请：
申请人可以直接到商标局办事大厅递交申请表和其他补充材料，或者委托有资质的商标代理机构代为办理。
商标审查：
商标局受理申请后，会进行形式审查和实质审查。形式审查主要审查申请人的名称、地址、商标图样、指定商品和服务等；实质审查主要审查商标是否符合《商标法》规定的禁止注册和禁止使用的标识，是否与在先申请或注册的相同或近似商标相冲突。
公告与异议：
通过审查的商标会予以公告，公告期为3个月。在此期间，在先权利人和利害关系人可以对商标申请提出异议。
核准注册：
在公告期内没有人提出异议的，商标局将核准注册，并下发《商标注册证书》。
建议：
选择注册方式：申请人可以选择自己到商标局申请注册，或者委托一家经验丰富的商标代理组织代理服务。委托代理机构可以提高申请成功率并节省时间。
预先检索：在申请前，建议进行商标检索，以评估商标注册申请是否有被驳回的风险，并及时修改商标。