取保候审超过12个月后，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，应当解除取保候审。具体处理方式如下：
解除取保候审
若案件后续仍需继续侦查等，可能会对犯罪嫌疑人采取其他非羁押性的强制措施或重新办理相关手续。
如果犯罪嫌疑人在取保候审期间没有违反相关规定，保证金应当予以退还。
变更强制措施
公安机关可能会将取保候审变更为监视居住。
如果案件有了新的证据或情况变化，导致犯罪嫌疑人的社会危险性增加，或者有逃避侦查、审判等可能性，公安机关、检察院等有权机关可能会决定对犯罪嫌疑人进行逮捕。
继续侦查或审查起诉
取保候审到期并不意味着案件的侦查或审查起诉工作必须立即结束。如果案件仍然需要进一步处理，相关机关应当在解除取保候审后的12个月内完成处理工作。
通知被取保候审人
解除取保候审应当及时通知被取保候审人和有关单位，并告知其权利和注意事项。
保证金退还
如果被取保候审人在取保候审期间没有违反相关规定，保证金也应当及时退还。
需要注意的是，取保候审超过12个月后并不意味着案件已经结束或者被取保候审人无罪，这只是一种刑事强制措施的解除。如果被取保候审人仍然有犯罪嫌疑，那么案件可能会进入审查起诉或者审判程序。
因此，建议被取保候审人在取保候审期间严格遵守相关规定，并在取保候审到期后及时与司法机关联系，了解案件进展和后续处理情况。